近年、樹勢の衰えが激しくなり、県林業試験場や県教育委員会などが調査したところ、落雷が主な原因と見られる樹勢衰退で、根元が大きく空洞化し、幹の５分の１しか生きていないことがわかった。
このまま枯死が進むのを放置しておくと、倒木などで本殿・拝殿や参拝者に被害が及ぶ可能性もあるため、伐採するか、何らかの措置をとって延命させるかで論争が行われたが、国・県・市によって幹の先端部10mの切除が行われ、当面の保存と延命が図られることになった
現在の爺杉は、倒木を防ぐために幹の３方にワイヤを張って固定されている。