約８００種の植物が生育し、とくに暖地性の植物が多く見られる。
樹叢は、高木層はモミ・スギ・シイ・タブノキ・クスノキ・カシ類など、低木層はヒサカキ・モチノキ・シロダモ・モッコク・アオキ・アリドウシなど、草本層はヤブミョウガ・オカメザサ・シダ類などである。
参道の入り口の鳥居付近にはタブノキとクスの大木が目をひき、参道の両側はスギ・スダジイ・モミの大木が並ぶ。
本殿の裏にはスギの神木があり、樹高４３b、根周囲１２bの巨木で、樹齢約１０００年といわれている。
要石周辺は、モミの純林とオカメザサの群落が見られるが、モミは１９７９〜１９８０年（昭和４９〜５０）にハラアカマイマイが異常発生し、そのため食害を受け、大部分枯死した。
御手洗池周辺はカヤ・モミ・スダジイ・タブノキなど樹高２０b以上の混生林が見られる。