堂塔はじめ全山の樹木山水に至るまで、荘厳なたたずまいを奏している。現在の堂塔は、１５５０年（天文１９）の大火で焼失したものを、１６６６年（寛文６）に来山した本孝法印（当町羽鳥山口氏の出）と、法弟尊孝法印が、４０年の歳月をかけて再建した。
施工願主本孝法印は仁王門落慶直後の１６８９年（元禄２）４月、信州善光寺の大勧進７０世住職に栄転し、善光寺を再興した人物として知られている。
三重塔は法隆寺五重塔によく似た端麗な姿で、塔高２５ｍ、椎尾山のシンボルとなっている。塔の全面に施された彫刻は初重連子窓部に島村圓鉄作と伝える十六羅漢の彫刻をはじめ、尾垂木の丸彫龍など、江戸時代特有の装飾建築様式を示している。１７０４年（宝永元）桜井瀬兵衛の息、瀬左エ門を棟梁として建立された。瀬左エ門はこの７年後、成田山新勝寺三重塔を完工している。